Der Name Bornheim wird im Jahre 1194 erstmals sicher erwähnt. Grabungsfunde zeigen jedoch, dass das Gebiet des heutigen Bornheims schon zur Römerzeit besiedelt war. Im Früh- und Hochmittelalter gehörte Bornheim zum rund um die Frankfurter Pfalz gelegenen Königsgut. Im Spätmittelalter bildete das Dorf zusammen mit weiteren achtzehn Dörfern im Nordosten Frankfurts die Grafschaft Bornheimer Berg. Hierbei handelte es sich jedoch um keine Grafschaft im eigentlichen Sinne, sondern um einen Gerichtsbezirk. Zwischen Bornheim und Frankfurt bestanden schon seit frühester Zeit enge Verbindungen. Diese drohten sich aufzulösen, als König Ludwig der Bayer die Grafschaft Bornheimer Berg 1320 an die Grafen von Hanau verpfändete. Versuche Frankfurts, eine Ausweitung des Hanauer Einflußgebietes zu verhindern, scheiterten zunächst. Für die Durchsetzung ihrer Rechtsansprüche fehlte der Stadt die Macht. So strebte man schließlich einen Vergleich an. Nachdem die Schelme von Bergen ihre Rechte an Bornheim 1475 an Frankfurt verkauft hatten, gab 1481 auch Hanau seinen Anspruch auf das Dorf auf. Zusammen mit Hausen und Oberrad fiel Bornheim damit endgültig an die Stadt Frankfurt.
Als Gegenleistung verzichteten die Frankfurter auf ihre Ansprüche auf die übrigen sechzehn Gemeinden der Grafschaft Bornheimer Berg. Gegen Ende des 15. Jahrhunderts zählte Bornheim knapp 300 Einwohner, die im wesentlichen von der Landwirtschaft lebten.